1616年（天命元年，明朝萬歷四十四年)，建州女真首領努爾哈赤統(tǒng)一了海西女真和野人女真各部，滅亡了元朝，在赫圖阿拉城（現(xiàn)遼寧省新賓縣)建國，定國號“大金”，史稱“后金”。1635年（天聰九年)努爾哈赤的兒子皇太極繼位，1636年（崇德元年）改國號“大金”為大清。1644年滿族入關定都北京。滿族文化與漢文化的融合逐漸加深，大量的漢族和蒙古族醫(yī)生加入到滿族醫(yī)藥隊伍中，先進的中醫(yī)藥學逐漸被滿族貴族和滿族知識分子接受和吸納，原始薩滿教衰退，薩滿“跳神”消災祛病被限禁。早期滿族醫(yī)學開始與薩滿教逐漸分離，滿族醫(yī)學發(fā)展進入新的歷史時期。

自努爾哈赤開始，清代帝王對藥性和藥理、治病用藥都有了一定的認識，能夠很深地理解醫(yī)學和疾病。天命十年（1625），努爾哈赤對諸大臣和國人說：“藥之者，雖苦口能祛疾焉。”說明當時的文化階層已有了一定的醫(yī)學知識。天聰九年（1635），皇太極分析說：“人身血脈，勞則無滯。”懂得了運動有益于血液流通和健康的道理，表明滿族醫(yī)學擺脫了以薩滿巫醫(yī)為主體的原始神秘階段。隨著專職醫(yī)生的誕生，滿族醫(yī)學進入了全面發(fā)展時期。

清代注重醫(yī)政藥事管理。自清代建立開始，在借鑒金、元、明前朝吏治和醫(yī)政管理制度的同時，建立了清代宮廷醫(yī)政藥事管理機構，實施醫(yī)學教育和對醫(yī)藥有功人員獎勵政策。清代設立的太醫(yī)院與金、元、明朝不同，清代太醫(yī)院，院使正五品，統(tǒng)領醫(yī)藥行政及醫(yī)療諸事。全國醫(yī)官統(tǒng)一由太醫(yī)院差派、考核、升降。官吏職責更加明確，清代首先將宮廷醫(yī)學進行分科管理。御醫(yī)、吏目、醫(yī)士、醫(yī)生各專一科。分大方脈、小方脈、傷寒、婦人、瘡瘍、針灸、眼、口齒、正骨等九科。

清代創(chuàng)建新滿文。金時期創(chuàng)建的女真文字經(jīng)過幾個朝代的更替，沒有延續(xù)而逐漸消失。努爾哈赤重新創(chuàng)建滿族文字，為清代滿族醫(yī)藥發(fā)展提供了條件。順治、康熙年間，滿族吸收漢族醫(yī)學，整理翻譯了大量中醫(yī)藥學歷代名著。如：《雷公炮制書》《藥性賦》《難經(jīng)》《王叔和脈訣》《壽世保元》《孫思邈衛(wèi)生歌》《經(jīng)穴部位圖》《延壽格言》《婦科療法》，用以豐富滿族醫(yī)學寶庫。編輯《醫(yī)療通書》《醫(yī)宗金鑒》作為太醫(yī)院投方取藥的依據(jù)。這些措施不僅促進了清代的醫(yī)藥發(fā)展，而且對中醫(yī)藥傳統(tǒng)醫(yī)學發(fā)展作出了貢獻。

清代名醫(yī)輩出。滿族入關尤其是入主中原以后，戰(zhàn)亂時期多發(fā)的骨傷、外傷疾病和瘡瘍、眼疾等相對減少，各類富貴病開始發(fā)生。宮廷吸納了大量的漢族醫(yī)生入宮為官，發(fā)展了滿族醫(yī)藥學，出現(xiàn)大批的漢族和滿族名醫(yī)和著作。如徐大椿著有《醫(yī)學源流論》《傷寒論類方》等多部著作，名醫(yī)陳修園著有《醫(yī)學三字經(jīng)》《時方歌括》等多部著作；滿族名醫(yī)邊成章（1806~1880）著有《邊氏驗方》，正骨名醫(yī)覺羅伊桑阿、滿族地方骨傷科名醫(yī)杜自明，著有《中醫(yī)正骨經(jīng)驗概述》等。

順治時期，滿族醫(yī)學全面發(fā)展。培養(yǎng)本民族醫(yī)學通才，在繼承本族膳食醫(yī)藥學的基礎上，積極吸收漢、蒙、回等各族醫(yī)學，乃至西方醫(yī)學，逐漸形成了獨具特色的滿族醫(yī)學。