20世紀(jì)50年代,開始中醫(yī)針灸的文獻(xiàn)研究工作。20世紀(jì)60年代后,研究重點(diǎn)放在了經(jīng)絡(luò)問題上。他在262醫(yī)院的協(xié)作下,共同完成的“體表循行81例研究”為中國早期經(jīng)絡(luò)研究起到了一些推動作用。改革開放后,程莘農(nóng)多次主持國家級、部級課題。其中作為主研人進(jìn)行的“循經(jīng)感傳和可見經(jīng)絡(luò)現(xiàn)象的研究”獲中國國家中醫(yī)藥管理局科技進(jìn)步一等獎。在學(xué)術(shù)觀點(diǎn)上,以《靈》《素》《難經(jīng)》為主,反對玄學(xué),提倡務(wù)實(shí)創(chuàng)新,對針刺“三才法”的改進(jìn)頗有新見。
許多學(xué)術(shù)觀點(diǎn)、方法,諸如針灸理法方穴術(shù)辨治理念、六陰經(jīng)有原論、八脈交會統(tǒng)一論等,并創(chuàng)立了在臨床上所特有的“一竅開百竅法”、“通調(diào)四關(guān)法”、“八穴鎮(zhèn)痛法”等,在學(xué)術(shù)上獨(dú)樹一幟。在臨床、教學(xué)和科研中,重視中醫(yī)基礎(chǔ)理論對針灸臨床的指導(dǎo)作用,尤其是經(jīng)絡(luò)歸經(jīng)辨證,依據(jù)經(jīng)脈循行,將病候歸經(jīng)辨證,據(jù)證立補(bǔ)瀉、溫清、升降六法,依法定君臣佐使、大小緩急奇偶復(fù),確立了“緣理辨證、據(jù)證立法、依法定方、明性配穴、循章施術(shù)”的針灸臨床辨證論治體系。作為主研人進(jìn)行的“循經(jīng)感傳和可見經(jīng)絡(luò)現(xiàn)象的研究”曾獲中國國家中醫(yī)藥管理局科技進(jìn)步一等獎,主持的“十四經(jīng)穴點(diǎn)穴法”獲衛(wèi)生部科技一等獎,參與的“經(jīng)絡(luò)的研究”獲北京市科學(xué)技術(shù)獎二等獎。